La Conférence des ministres a créé le 8 mai 1997 le comité de la coopération et de l'intégration régionales dans le cadre du nouveau mécanisme intergouvernemental de la Commission. Le Comité a été créé pour assumer les tâches de l'ancienne Conférence des ministres africains responsables du commerce, de la coopération et de l'intégration régionales, et du tourisme. La création du comité a pris pleinement en compte le rôle d’organes similaires des organisations africaines associées à la promotion de la coopération et à l'intégration régionales.
En effet, conformément à la demande de la Conférence des Chefs d'Etat et de gouvernement de l'Organisation de l'unité africaine (OUA) à sa session de 1994 tenue à Tunis, la réforme du dispositif institutionnel de la CEA a été réalisée en vue de l'harmoniser avec ceux des organisations soeurs, en particulier la Communauté économique africaine (CEA/OUA). À cet égard, on a estimé que les fonctions de la Conférence des ministres africains responsables du commerce, de la coopération et de intégration régionales, et du tourisme feraient double emploi en matière d'élaboration des politiques avec ceux de la Commission économique et sociale de la CAE, qui est devenue opérationnelle en 1996. Un tel double emploi ne risquait pas de se produire grâce à la création du Comité puisque ce dernier est seulement un organe technique subsidiaire de la Conférence des ministres de la CAE chargé de faciliter la coordination des activités pertinentes de la Commission avec celles des autres acteurs du processus d'intégration économique en Afrique. La première session du Comité s'est tenue à Addis-Abeba (Ethiopie) du 27 au 29 avril 1999. La deuxième session a également eu lieu à Addis-Abeba le 3 mars 2002.